Hướng dẫn kiểm toán bắt buộc và chế độ kế toán mới 2025

Trong hành trình vận hành doanh nghiệp, có lẽ không ít lần bạn đã cảm thấy băn khoăn trước những thay đổi về chính sách kế toán, thuế hay kiểm toán. Mỗi một văn bản mới ban hành không chỉ là những điều khoản pháp lý khô khan, mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến chiến lược tài chính, kế hoạch kinh doanh và cả sự an tâm của bạn. Đặc biệt trong bối cảnh hiện nay, khi hàng loạt quy định mới liên tục được cập nhật, việc nắm bắt kịp thời và chính xác thông tin trở thành một lợi thế cạnh tranh không nhỏ cho mọi doanh nghiệp, từ các tập đoàn FDI cho đến các doanh nghiệp vừa và nhỏ, hộ kinh doanh cá thể.

Gần đây, Cổng thông tin điện tử của Bộ Tài chính đã nhận được rất nhiều câu hỏi từ các doanh nghiệp xoay quanh các quy định mới. Điều này cho thấy nhu cầu hiểu rõ và áp dụng đúng luật là rất lớn. Bài viết này sẽ cùng bạn phân tích một số vấn đề nổi bật, từ đó giúp bạn có cái nhìn rõ ràng hơn và chuẩn bị kế hoạch tài chính – kế toán vững vàng cho năm 2025 và những năm tiếp theo.

Kiểm toán bắt buộc theo Nghị định 90/2025/NĐ-CP: Hiểu đúng để thực hiện đúng

Một trong những thay đổi đáng chú ý nhất ảnh hưởng đến doanh nghiệp có quy mô lớn chính là quy định về kiểm toán bắt buộc tại Nghị định 90/2025/NĐ-CP. Rất nhiều doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp FDI, đã bày tỏ sự bối rối về thời điểm áp dụng.

Doanh nghiệp nào phải kiểm toán bắt buộc?

Theo Nghị định 90, doanh nghiệp có quy mô lớn (được quy định tại Luật Kiểm toán độc lập) là đối tượng bắt buộc phải kiểm toán Báo cáo tài chính (BCTC) hàng năm. Tiêu chí xác định “quy mô lớn” là thỏa mãn ít nhất 2 trong 3 điều kiện sau:

• Số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm trên 200 người.
• Tổng doanh thu của năm trên 300 tỷ đồng.
• Tổng tài sản trên 100 tỷ đồng.

Điểm then chốt cần lưu ý là các chỉ tiêu này được xác định dựa trên BCTC của năm trước liền kề. Ví dụ, để đánh giá cho năm tài chính 2025, doanh nghiệp sẽ nhìn vào số liệu của năm 2024.

Thời điểm áp dụng: Quy định chuyển tiếp rõ ràng

Đây là phần gây nhiều nhầm lẫn nhất. Một doanh nghiệp hỏi: “Nếu xét BCTC năm 2024 thỏa mãn điều kiện, thì BCTC năm 2024 có bắt buộc kiểm toán không?”

Câu trả lời chính thức từ Cục Quản lý Kiểm toán (Bộ Tài chính) rất rõ ràng:

“Các doanh nghiệp có tổng doanh thu, tổng tài sản trên báo cáo tài chính cho năm tài chính 2024, sử dụng lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân của năm 2024 nếu thỏa mãn quy định… sẽ thực hiện kiểm toán bắt buộc đối với báo cáo tài chính cho năm tài chính 2025 trở đi.”

Điều này có nghĩa là:

• BCTC năm 2024: KHÔNG bắt buộc kiểm toán, ngay cả khi doanh nghiệp đã đạt ngưỡng quy mô lớn. Tuy nhiên, doanh nghiệp hoàn toàn có thể lựa chọn kiểm toán tự nguyện.
• BCTC năm 2025: Nếu số liệu năm 2024 của bạn đạt ngưỡng, thì BCTC năm 2025 sẽ PHẢI được kiểm toán bắt buộc.

Quy định này cho doanh nghiệp một khoảng thời gian chuyển tiếp quý giá để chuẩn bị cho việc kiểm toán bắt buộc vào năm sau.

Mẹo nhỏ cho doanh nghiệp

• Rà soát ngay số liệu năm 2024: Hãy kiểm tra ngay xem doanh nghiệp của bạn có đạt 2/3 tiêu chí trên không. Điều này sẽ giúp bạn biết trước nghĩa vụ cho năm 2025.
• Chuẩn bị hồ sơ kế toán: Nếu năm 2025 phải kiểm toán, ngay từ bây giờ, hãy chú trọng việc lưu trữ chứng từ đầy đủ, sắp xếp sổ sách khoa học. Một hệ thống kế toán minh bạch ngay từ đầu sẽ giúp quá trình kiểm toán diễn ra suôn sẻ và tiết kiệm chi phí.
• Lưu ý cho doanh nghiệp FDI: Quy định này áp dụng bình đẳng. Nếu doanh nghiệp bạn có quy mô nhỏ (không đạt ngưỡng) trong cả năm 2024 và 2025, thì bạn không thuộc diện bắt buộc. Tuy nhiên, hãy theo dõi sát sao vì quy mô có thể thay đổi.

Áp dụng chế độ kế toán mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC: Lộ trình nào cho doanh nghiệp?

Thông tư 99/2025/TT-BTC, có hiệu lực từ 01/01/2026, thay thế Thông tư 200/2014, mang đến nhiều thay đổi quan trọng trong hệ thống tài khoản và phương pháp hạch toán. Câu hỏi đặt ra là: “Năm tài chính của tôi bắt đầu từ 01/10, vậy thời điểm 01/01/2026 tôi đã phải áp dụng chưa?”

Nguyên tắc áp dụng chế độ kế toán mới thường là theo năm tài chính. Cụ thể:

• Thông tư 99 có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.
• Đối với doanh nghiệp có năm tài chính trùng với năm dương lịch (01/01 – 31/12): Áp dụng ngay từ kỳ kế toán năm 2026.
• Đối với doanh nghiệp có năm tài chính khác năm dương lịch (ví dụ: 01/10/2025 – 30/09/2026): Bạn sẽ áp dụng từ năm tài chính bắt đầu sau ngày 01/01/2026. Tức là, kỳ kế toán từ 01/10/2026 – 30/09/2027 sẽ là năm đầu tiên áp dụng toàn bộ Thông tư 99.

Tuy nhiên, cần lưu ý về việc ghi nhận doanh thu, chi phí và các nghiệp vụ phát sinh từ ngày 01/01/2026 trở đi. Dù năm tài chính chưa kết thúc, nhưng các nghiệp vụ phát sinh trong giai đoạn này cần được hạch toán phù hợp với quy định mới. Điều này đòi hỏi bộ phận kế toán phải có sự chuyển đổi linh hoạt giữa hai chế độ trong cùng một năm tài chính.

Một số điểm mới đáng chú ý trong Thông tư 99

• Tài khoản 3387 – Doanh thu chờ phân bổ: Quy định rõ hơn về các khoản doanh thu nhận trước, đặc biệt là doanh thu từ chương trình khách hàng thân thiết. Lưu ý: tài khoản này không dùng cho tiền nhận trước của người mua khi chưa cung cấp sản phẩm/dịch vụ (vẫn dùng TK 131, 331).
• Tài khoản 8212 – Chi phí thuế TNDN bổ sung (Thuế tối thiểu toàn cầu – GMT): Thông tư đã hướng dẫn cụ thể cách hạch toán đối với nghĩa vụ thuế phát sinh từ các quy định về thuế tối thiểu toàn cầu, bao gồm cả việc ghi nhận tài sản thuế hoãn lại, phù hợp với việc áp dụng các chuẩn mực kế toán quốc tế.

Việc cập nhật và đào tạo kiến thức về Thông tư 99 ngay từ bây giờ là vô cùng cần thiết. Điều này giúp doanh nghiệp tránh được những sai sót trong hạch toán, đảm bảo BCTC phản ánh đúng tình hình tài chính và tuân thủ pháp luật.

Những vướng mắc thường gặp khác từ góc nhìn chuyên môn

Bên cạnh hai vấn đề lớn trên, các câu hỏi gửi về Bộ Tài chính cũng phản ánh nhiều tình huống thực tế phức tạp khác.

Xác định “tổng doanh thu” cho doanh nghiệp có báo cáo hợp nhất

Với doanh nghiệp phải lập BCTC hợp nhất, câu hỏi đặt ra là dùng doanh thu trên BCTC riêng của công ty mẹ hay BCTC hợp nhất để so sánh với ngưỡng 300 tỷ đồng? Mặc dù chưa có văn bản hướng dẫn cụ thể nhất cho trường hợp này, nhưng dựa trên tinh thần của quy định, việc xác định quy mô nên dựa trên BCTC của chính doanh nghiệp đó (tức là BCTC riêng). Tuy nhiên, đây là vấn đề cần sự giải thích chính thống hơn, và doanh nghiệp nên tham khảo ý kiến chuyên gia để có cách ứng xử phù hợp.

Xử lý chứng từ khi văn bản cũ bị bãi bỏ

Trường hợp Thông tư 70/2019 bị bãi bỏ bởi Thông tư 46/2025 khiến nhiều đơn vị công lập băn khoăn về mẫu biên lai thu. Nguyên tắc là: Kể từ ngày văn bản mới có hiệu lực (01/7/2025), các mẫu chứng từ, sổ sách cũ không còn giá trị pháp lý. Đơn vị cần ngay lập tức chuyển sang sử dụng mẫu quy định tại văn bản mới thay thế. Việc sử dụng mẫu cũ sau ngày này có thể dẫn đến rủi ro về thanh tra, kiểm tra.

Hạch toán chi phí tại đơn vị sự nghiệp có thu

Với các đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ một phần, việc hạch toán chi phí cần phân biệt rõ:

• Chi phí từ nguồn kinh phí được giao tự chủ (TK 00822): Khi chi, thường hạch toán vào các tài khoản chi phí phù hợp như 642, 154… chứ không hạch toán vào TK 612 (vì TK 612 chỉ dành cho đơn vị không có hoạt động SXKD, dịch vụ).
• Việc này đòi hỏi kế toán phải theo dõi chi tiết theo từng nguồn kinh phí để phục vụ cho quyết toán.

Lời khuyên để đồng hành cùng sự thay đổi

Hành trình tuân thủ pháp luật tài chính – kế toán chưa bao giờ là dễ dàng, nhưng nó chính là nền tảng cho sự phát triển bền vững và uy tín của doanh nghiệp bạn. Thay vì xem đó là gánh nặng, hãy coi đó là cơ hội để hệ thống hóa, chuyên nghiệp hóa bộ máy tài chính – kế toán của mình.

• Luôn cập nhật thông tin từ nguồn chính thống: Cổng thông tin Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế là những kênh bạn nên theo dõi thường xuyên.
• Đừng ngần ngại đặt câu hỏi: Khi có nghi ngờ, hãy chủ động tìm kiếm câu trả lời chính thức thông qua các kênh hỏi đáp hoặc tham vấn từ các chuyên gia có kinh nghiệm.
• Chuẩn bị kế hoạch nguồn lực: Các thay đổi về kiểm toán bắt buộc hay chế độ kế toán mới đều đòi hỏi nguồn lực (thời gian, con người, chi phí). Hãy lên kế hoạch dự phòng ngay từ bây giờ.
• Ứng dụng công nghệ: Các phần mềm kế toán được cập nhật theo quy định mới sẽ là trợ thủ đắc lực, giúp tự động hóa và giảm thiểu sai sót.

Những thay đổi về chính sách là điều tất yếu trong một nền kinh tế năng động và hội nhập. Điều quan trọng nhất không phải là tránh né, mà là chủ động đón đầu và thích nghi. Khi bạn nắm vững luật chơi, bạn không chỉ bảo vệ được doanh nghiệp mình trước các rủi ro pháp lý mà còn tạo dựng được niềm tin vững chắc với đối tác, nhà đầu tư và cơ quan quản lý. Hãy xem mỗi lần điều chỉnh chính sách như một bước đệm để doanh nghiệp của bạn trở nên chuyên nghiệp và vững mạnh hơn. Hành trình phía trước còn nhiều thử thách, nhưng với sự chuẩn bị kỹ càng và tinh thần c